農地・土地2026.08.06実家じまいナビ編集部

農地転用の水利組合の同意書｜費用と取り方

水利組合と土地改良区は別の相手。同意書と意見書も別物

用水路を管理している主体は、大きく分けて二つある。土地改良区と、集落の水利組合（地域によって呼び名は異なる）だ。どちらも用水と排水を握っているため、農地転用の窓口で初めて違いを知る人が多い。

土地改良区は、土地改良法にもとづいて設立され、都道府県知事の認可で成立する法人。受益地が図面で確定していて、組合員に賦課金を課し、転用や脱退のときに決済という手続きがある。農地転用で問題になるのは、この土地改良区が出す意見書だ。

水利組合は、地域で水路や井堰を管理してきた任意の団体を指すことが多い。法人格がなく、区域の線引きも改良区ほど明確ではない。ここで求められるのは、組合長名の同意書になる。

同じ一枚の農地に、土地改良区の意見書と水利組合の同意書の両方がかかることもある。自分の農地がどちらの管轄かを確定させないと、集める書類が決まらない。

相談者

農業委員会に水利の同意を取ってきてと言われたのですが、誰に頼めばいいのか分かりません。

実家じまいナビ編集部

相手が改良区か水利組合かで、窓口も費用も期間も変わります。受益地かどうかの確認から入ってください。

法律が求めているのは意見書。水利組合の同意書は運用で足されている

農地法の許可申請に何を添付するかは、農地法施行規則が定めている。自分で農地を転用する4条許可なら第30条第1項、売買や貸借とセットで転用する5条許可なら第57条の4第2項が該当する（2026年7月31日確認）。

水利まわりで書かれているのは、次の二つだけだ。

• 申請に係る農地を転用する行為の妨げとなる権利を有する者がある場合には、その同意があつたことを証する書面（第30条第1項第5号、第57条の4第2項第2号）
• 申請に係る農地が土地改良区の地区内にある場合には、当該土地改良区の意見書。意見を求めた日から三十日を経過してもなおその意見を得られない場合には、その事由を記載した書面（第30条第1項第6号、第57条の4第2項第3号）

条文が名指ししているのは土地改良区の意見書であって、水利組合の同意書という様式は列挙に出てこない。水利権が転用の妨げとなる権利にあたる場合は前者で同意書が必要になるが、様式そのものを施行規則が定めているわけではない。

実態としては、市町村の農業委員会が運用として求めている書類にあたる。岐阜県山県市は水利組合同意書の様式（中濃用水版を含む）を配布し、農地法第4条・第5条の許可申請書に添付するものとして案内している。奈良県の行政書士事務所の解説では、奈良市や生駒市でも隣接農地と水利組合の同意書が求められると整理されている（いずれも2026年7月31日確認）。

運用だから軽い、という話ではない。窓口で受け付けてもらえなければ申請は進まない。ただし法定の添付書類ではないものを求められている場面がある、と知っておくと、取れなかったときの相談の仕方が変わる。

書類全体の並びは農地転用の手続きの流れ｜必要書類と申請先の一覧で確認できる。

自分の農地にどちらがかかるか、調べる順番

順番を間違えると、要らない書類を集めたり、申請の締切に間に合わなくなる。

1. 農業委員会に、その地番が土地改良区の地区内かどうかを聞く。転用の事前相談と同時に確認できる
2. 地区内なら、その土地改良区に照会する。岩手中部土地改良区は農地転用等照会票の様式を用意し、受益地の内外は担当者が即日回答するとしている（2026年7月31日確認）
3. 水利組合は、農業委員会や市町村の農政担当、集落の役員経由でたどるのが早い。区域の図面が無い団体も多く、隣接する田の耕作者に聞くほうが正確な場合がある

入口の様式を自治体側でまとめている例もある。滋賀県高島市は「農地転用等の通知および意見書交付願」と「地区除外申請書」を統一様式として案内し、受益地を所管する土地改良区に提出するよう示している（2026年7月31日確認）。

費用の目安。決済金は1平方メートル20円から500円台まで開く

財布から出るのは主に三つある。土地改良区の決済金（地区除外決済金、転用決済金などと呼ばれる）、意見書の交付手数料や調査費、そして水利組合側で求められる負担金だ。

決済金の単価は改良区ごとにまったく違う。公開されている例を並べる（いずれも2026年7月31日確認）。

1平方メートルに直すと20円台から500円台まで開く。500平方メートル（約5アール）の農地なら、1万円台で済むところもあれば25万円前後になるところもある、という幅だ。千葉県の行政書士事務所は1平方メートルあたり100円から200円が多いと整理しているが、上の実例のとおりその幅に収まらない改良区もある。自分が属する改良区の規程を見るまで、概算を信じない。

決済金のほかに、筆ごとの調査費や事務手数料を取る改良区もある。岩手中部土地改良区は、事前確認と現地調査を終えたあとに意見書交付手数料と地区除外決済金の額を伝える運用で、納付者をあらかじめ決めておくよう求めている。金額が判明するのは調査のあと、という順番になる。

水利組合側は、同意書そのものに定額の発行手数料を設けていないことが多い。一方で、水路や水門の維持管理費、補修費という名目で負担を求められる例が行政書士事務所の解説で報告されている。金額の根拠がはっきりしない要求を受けたときは、その場で受けずに農業委員会へ相談する。

決済金の根拠。条番号は第42条ではなく第43条第2項

決済金は寄付でも謝礼でもない。土地改良区の組合員資格を失うときの清算として、土地改良法に定めがある。

現行の土地改良法では、第43条（権利義務の承継及び決済）第2項が該当する。組合員が資格に係る土地についてその資格を失った場合で、権利の承継も資格の交替もないときは、その者と土地改良区は必要な決済をしなければならない、という条文だ（2026年7月31日確認）。

ここに落とし穴が一つある。改良区や自治体の案内文には、今も「土地改良法第42条第2項」と書かれているものが少なくない。現行法の第42条は土地改良施設の更新に必要となる資金の積立ての規定で、決済ではない。国税庁の通達も、出された当時の条番号で第42条第2項と表記している。条文を自分で確かめるときは、番号ではなく見出し（権利義務の承継及び決済）で探すほうが確実だ。

払う理由については、改良区側が説明している。転用で農地が減っても用水路の維持管理費は減らないため、決済せずに抜けると残った組合員の負担が重くなる。その不公平を避けるための清算、という位置づけになる。

取り方の手順と、実際にかかる期間

土地改良区の意見書は、おおむね次の流れで進む。岩手中部土地改良区が公開している案内を土台に整理する（2026年7月31日確認）。

1. 照会票を改良区に提出し、受益地の内外を確認する
2. 改良区が事前確認と現地調査を行い、意見書交付手数料と決済金の額を提示する
3. 意見書の交付申請と地区除外申請を出す。組合員資格得喪通知書を添える改良区もある
4. 手数料と決済金を納付し、意見書の交付を受ける
5. 農業委員会へ農地転用の許可申請を出す

期間は改良区の事務処理よりも、決議のサイクルに引っ張られる。岩手中部土地改良区は事前確認から意見書交付まで概ね2週間としつつ、申請面積が1ヘクタール以上の転用は理事会の議決が必要になるため意見書発行まで1カ月以上かかる場合があるとしている。転用計画を変更したときは意見書の再交付が必要になる点も案内されている。

農振農用地に指定されている土地なら、単位は月ではなく年になる。佐賀県吉野ヶ里町は、事前協議のあとの農振除外申請の受付を9月と3月の年2回に限り、8カ月から12カ月を要すると案内している。地区除外申請と決済金の納入はその後だ。

市街化区域内の農地のように、許可ではなく届出で足りる場合は扱いが変わることがある。施行規則が意見書を求めているのは許可申請の添付書類としてなので、届出のときに意見書が要るかどうかは、改良区と農業委員会の双方に確認しておく。

全体の所要期間の考え方は農地転用にかかる期間は？申請から許可までの流れで整理している。

同意が取れない、話が進まないときの手

水利組合の同意書は、組合長の署名押印で完成する形式が多い。ただし組合長の一存では決めず、定期的に開かれる会合で決議する運用が一般的で、申請者が同席して計画を説明する例もある（行政書士事務所の解説、2026年7月31日確認）。会合が年に数回しかなければ、それだけで数カ月動かないことになる。

止まったときに取れる手は三つある。

• 農業委員会に相談する。運用で求めている書類である以上、代替の扱いを判断できるのは窓口になる
• 土地改良区の意見書については、意見を求めた日から30日を経過してもなお意見が得られない場合、その事由を記載した書面で代えられる規定が施行規則にある
• 計画のほうを変える。排水を農業用水路に落とさない設計にできれば、同意を求める必要性そのものが下がる場合がある

金銭の要求で行き詰まる例もある。水門や水路の補修費という名目で高額を求められたという報告が行政書士事務所の解説に出ている。相手が任意団体で規程が無い場合、額の妥当性を当事者だけで判断するのは難しい。書面で内訳を求め、農業委員会に経過を伝えてから返答する。

相談者

売買の期限が決まっているので、待っていられません。

実家じまいナビ編集部

停止条件付きの契約なら、会合の開催日を先に押さえて逆算してください。締切から逆算しても相手の予定は動きません。

払った決済金は税金でどう扱われるか

売却とセットで転用した場合、払った決済金が譲渡費用になるかどうかは、国税庁が法令解釈通達で線を引いている（平成19年6月22日、課資3-7・課審6-13。2026年7月31日確認）。平成18年4月20日の最高裁判決等を受けて定められたものだ。

譲渡費用となる農地転用決済金について、通達は次の4点をすべて満たすものとしている。

• 売買契約で農地転用の許可等が停止条件とされているなど、土地改良区内の農地を転用して売買することが契約の内容になっていたこと
• 土地改良法の規定とこれを受けた土地改良区の規程により、支払うことが義務づけられている償還金、事業費等であること
• 転用目的での譲渡に際して土地改良区に支払われたものであること
• 決済の時点ですでに支払義務が発生していた決済年度以前の年度に係る賦課金等の未納入金でないこと

協力金や負担金についても、別に4要件が置かれている。逆に、農地法第4条にもとづいて自分で農地を転用した際に土地改良区へ支払った決済金等は、原則としてこの取扱いには当たらないと注記されている。費用の名称が改良区ごとに違う点にも留意するよう書かれている。

編集部は士業ではないため、あなたの契約書がこの要件に当たるかどうかの判断はしない。売買を伴う転用で決済金を払う予定があるなら、契約書の停止条件の文言と改良区の納入通知書を持って、税理士に確認するのが早い。

自分で回すか代行に出すか、転用したあとの土地をどうするか

手続きを自分で回すか行政書士に代行を頼むかは、書類の枚数よりも相手との距離で決まる。改良区の事務所や水利組合の会合に自分で出向ける距離に住んでいるなら、自分で足りる。遠方に住んでいて平日の日中に動けないなら、代行費用を払ったほうが結果的に早い。

実家じまいナビ編集部の実体験

編集部の場合

編集部の運営者は、沖縄の傾斜地を相続して今も保有している。売却、寄付、国庫帰属と出口を順に検証したがどれも成立せず、固定資産税が年約7万円出ていく状態が続いている。この過程で分かったのは、手続きの相手が役所だけではないこと、そして相手側の会合が開かれるまで一歩も進まないことだった。締切から逆算するのではなく、相手の予定から逆算するほうが現実に合う。

転用の許可が下りたあと、更地のまま置けば固定資産税の負担だけが残る。駐車場、資材置場、賃貸、太陽光など、成り立つ使い道は接道と周辺の需要で変わる。決済金という実費を払う前に、その土地で何が成立するかを見ておくと、金額の判断がしやすくなる。

制度と費用の全体像は農地転用とは？費用と期間、許可が下りる条件をまとめて解説にまとめている。